Ejen Ali semakin cergas dengan misinya di M.A.T.A. Tetapi, konflik timbul apabila Ali tahu bukan lagi dia seorang sahaja yang mampu menguasai I.R.I.S. Kini M.A.T.A. telah menaiktarafkan I.R.I.S. kepada I.R.I.S.
NEO yang akan dijadikan peranti asas bagi semua ejen. Ini membuatkan Ali persoalkan kebergunaannya dalam agensi M.A.T.A. Ketika ini, seorang individu bernama Niki mendekati Ali dan mendakwa dia tahu sebab kehilangan ibunya.
Sekarang, Ejen Ali perlu lakukan misi aksi dan merungkai misteri ini yang mengancam bandar Cyberaya, serta mempertaruhkan kesetiaan kepada M.A.T.A. sebelum terlewat.