Sinopsis BoBoiBoy Galaxy Baraju ialah kisah tentang BoBoiBoy dan rakan-rakannya yang tiba di Planet Baraju, tempat di mana mereka terperangkap dalam konflik antara dua suku, puak Bara dan puak Salju. Mereka perlu mencari jalan untuk mendamaikan puak-puak ini dan mendedahkan kebenaran di sebalik peperangan, sambil BoBoiBoy terpecah kepada dua kuasa, Blaze dan Ice, yang hampir menyebabkan bencana besar.
Perjalanan ke Planet Baraju: BoBoiBoy dan rakan-rakannya pergi ke Planet Baraju untuk menjejaki kapal MYS Kebenaran, tetapi mendapati kapal itu musnah dan krunya hilang.
Konflik puak: Planet itu terbahagi kepada dua puak yang saling bermusuhan, puak Bara dan puak Salju, yang bertempur untuk menguasai sumber kekuatan kuno planet itu.
BoBoiBoy terpecah: BoBoiBoy terpaksa menggunakan kuasa Api dan Airnya untuk meneruskan misi, menyebabkan dia terpecah menjadi BoBoiBoy Blaze dan BoBoiBoy Ice. Pertarungan antara kedua-dua aspek kekuatannya hampir memicu kuasa tingkat tiga yang berbahaya.
Tujuan: BoBoiBoy dan rakan-rakannya perlu mencari cara untuk menamatkan konflik dan mengembalikan keamanan di planet itu, selain mengungkap misteri di sebalik peperangan yang telah berlangsung lama.
